Gli organi dell'Azienda, secondo quanto previsto dall'art 6 dello Statuto, sono il Presidente, il Consiglio d'Amministrazione ed il Collegio dei Revisori.
Il Presidente
L'art.7 dello Statuto descrive le competenze del Presidente: il Presidente ha la rappresentanza istituzionale dell'Azienda,promuove e coordina le attività del Consiglio d'Amministrazione convoca e presiede il Consiglio d'Amministrazione determinandone gli argomenti da inserire nell'ordine del giorno del Consiglio stesso, sottoscrive gli atti e la corrispondenza relativamente alle materie non ascrivibili ad attività di gestione, vigila sull'andamento dell'Azienda, sull'operato del Direttore Generale esull'esecuzione delle delibere del Consiglio, nomina i componenti dell'Ufficio di Staff della Presidenza, incaricando il Direttore Generale di formalizzare i relativi atti nel rispetto delle norme regolamentari nel caso di necessità di reperire all'esterno professionalità.Il Presidente può adottare sotto la sua responsabilità provvedimenti di competenza del Consiglio da sottoporre alla ratifica dello stesso nella prima seduta successiva: in caso di mancata ratifica il Consiglio delibera in ordine agli effetti già prodotti dalla delibera d'urgenza. In caso di assenza o impedimento è sostituito dal Vice - Presidente.
Il Consiglio di Amministrazione.
Il Consiglio di amministrazione è costituito con decreto del Presidente della Giunta regionale ed è composto dal Presidente dell'Azienda nominato dal Presidente della Giunta regionale oltre sei membri nominati dal Consiglio regionale, secondo le procedure previste dal regolamento consiliare della Regione Lazio. Il Consiglio è responsabile dell'attività complessiva dell'Azienda, del rispetto delle direttive regionali ed esercita una serie di funzioni relative alla programmazione economica, alla nomina dei Dirigenti e Del Direttore Generale, all'organizzazione generale dell'Ente: adotta una serie di regolamenti tra cui quello organizzativo, quello finanziario e contabile e le modalità di accesso agli atti. Il funzionamento del Consiglio è disciplinato dall'art. 9 dello Statuto dell'Ente.
Il Collegio dei Revisori.
L'art. 10 dello Statuto disciplina il Collegio dei Revisori: l'organo collegiale è costituito con decreto del Presidente della Giunta regionale ed è composto da tre membri effettivi e due supplenti nominati dalla Giunta regionale tra i revisori contabili iscritti nel registro previsto dall'art 1 del Decreto Legislativo n. 88/1992. Il compito del Collegio dei Revisori è quello di esercitare il controllo sulla gestione contabile e finanziaria dell'Azienda verificandone l'operato e parametrandolo ai criteri di efficienza ed economicità.
Attualmente l'Ater della Provincia di Rieti è commissariata. Il ruolo di Commissario Straordinario è ricoperto dal dott. Luigi Gerbino nominato con decreto del Presidente della Regione Lazio n. T00153 del 1 Agosto 2023